En el año 2010 por la gran afluencia de pobladores aficionadas al fútbol de la ciudad fronteriza de Desaguadero, el entonces alcalde de dicha localidad Juan Carlos Aquino, decide la fundación de un equipo de fútbol que pueda representar a su ciudad y ganar notoriedad en canchas puneñas, es así que se funda el club bajo el nombre de Club Deportivo Binacional de Desaguadero, llevando el nombre Binacional debido a que la ciudad donde fue fundada es una zona fronteriza entre Perú y Bolivia, ese mismo año no pudo participar en la Copa Perú ya que la misma se encontraba en fases finales.
Ascenso al fútbol profesional
En el 2017 Deportivo Binacional logra acceder a la etapa nacional, quedando en el 12° lugar de la tabla nacional de posiciones, accediendo al repechaje el cual jugó con el León de Huánuco, al que derrotó por el marcador global de 11 a 2, en octavos de final se midió fuerzas contra el Defensor Laure Sur de Lima, derrotándolos por un marcador global de 5 – 2, ya en cuartos de final el rival a superar fue el Club Unión San Martín del Ica, al cual derrotó por el mismo marcador, clasificando a la finalísima, después de dos victorias y un empate, se corona como campeón de la Copa Perú 2017 y logra el ascenso a la Primera División del Perú.
Primer título nacional
Clasificados para la Final de la Liga 1 2019 por haber sido Ganadores del Apertura y por su puntaje en la Tabla acumulada, la definición sería contra Alianza Lima, donde el «Bi» decidió jugar la ida en Juliaca y la vuelta en Lima. Tras ganar la ida 4-1 el 8 de diciembre en el Estadio Guillermo Briceño y perder la vuelta 2-0 el 15 de diciembre en el Estadio Alejandro Villanueva, el equipo lograría triunfar en la definición por un marcador global de 4 – 3, consagrándose como campeón de la Liga 1 del fútbol peruano por primera vez en su historia desde la fundación del club.